開臺聖王鄭成功自南京兵敗之後，即時取台灣做為反清復明的根據地。攻台之時，為穩定三軍軍心，親赴湄洲恭迎三尊鎮殿媽祖寶像鎮州。
永曆十六年農曆二月一日，荷人兵敗投降退出台灣。國姓爺以其故鄉之名改大員為安平鎮，並以熱蘭遮城為王城。
當時台灣正忙於屯兵開墾．無暇顧及建廟事宜，只好將隨軍來台之三尊媽祖替像暫時供奉於城中之荷蘭教堂內。
同年六月鄭王夢，世子鄭經繼位，在諮議參軍陳永華輔佐下，開發建設台灣，人民生活漸趨安定，遂於永曆二十二年，
由鄭軍官兵與民眾拆毀熱蘭遮城內教堂，就地興建媽祖宮。此即安平開臺天后宮的前身。
一六六八，由於天妃宮所奉祀之媽祖係隨船護佑鄭王舟師來台，故冠以 「開台」頭銜，且直接承襲湄洲媽祖香火，威靈顯赫、盛極一時。
直到永曆卅八年 《康熙二十二年 ) ，台灣入清版圖，清廷以天妃宮為鄭氏所建，刻意加以貶抑，除加封媽祖為天后，並以寧靖王府另建祀典大天后宮，藉以取代開臺天妃宮在台灣人民心中的信仰中心。
同治十三年，由於日本侵台事起。船政大臣沈葆楨奉旨巡視台灣，為使鄭氏遺民與皇親國民不分彼此團結一致，才上書使安平廟的地位正式恢復。
同時，安平鄭氏廟，也因此改稱「開台天后宮」。好景不常，光緒二十一年 （一八九五年），一紙馬關條約，將台灣割讓給日本，日軍登台的連串燒殺．使安平天后宮也難逃此一血劫。
有一班逃不了的清兵在媽祖宮內被圍，共五十六人慘遭屠殺，日軍將其潦草埋葬於廟後空地，因神聖廟堂為血腥所濺，又有冤魂出沒的傳說，於是香火冷落、廟宇自然荒廢了。
民國五十一年五月，安平開臺天后宮管理委員會決定重建事宜，一直到民國五十五年竣工落成，期間費時將近四年，並於四月十一日吉時，奉請三尊媽祖寶像入廟安座，重享安平人間香火。
護軍媽祖除了顯靈護佑鄭成功得以攻克台灣以外，尚有多項神跡，廣為地方人士所流傳。鄭成功恭請三尊媽祖護軍攻取台灣之後，
本應將媽祖送回湄洲祖廟，但鄭成功到台灣只經過了一年三個月就因病去世了，送回媽祖一事就被耽擱了下來。
此後明鄭與清廷一直對峙至康熙22年(西元1683年)，鄭克塽降清，台灣重入清廷版圖，湄州祖廟趁機派人前來索取媽祖神像，
但為安平地方人士所拒，雙方為此發生爭議，當時湄州祖廟派人送來三尊相同的媽祖神像，要換回鄭成功請來的三尊正身媽祖，
安平人為保有正身媽祖，故意出題刁難來人，要以磁碗作筊，並卜百筊以定神意，來人不查當即答應，而發生了一段頗富趣味性的神奇故事。
雙方達成協議後，湄洲祖廟代表即依約擲筊，結果來人竟連得百筊，安平人見狀乃諉稱前約只限大媽，眼睜睜的看著大媽被請下座，
來人在無可奈何之下，繼續再擲筊請示二媽的去留旨意，結果亦連得百筊，直到請示三媽時，出現了奇蹟，來人在連得九十九筊之後，最後的一筊竟由地上直飛而起，插在中樑的正中央懸而不下。
擲筊事後，湄洲祖廟代表見安平信徒虔奉媽祖至誠，乃稍作讓步同意將三媽正身留在安平廟奉祀。於是大媽、二媽歸宗，湄洲另塑大媽、二媽金身，奉祀在安平廟，事情遂告解決。
日據時代，日本人在安平建有卡斯特株式會社(蓖麻)，日本南化學、製鹽會社、日本海軍造船廠等軍需及經濟性工廠，並駐有八十四(曉月)部隊，經美軍多次空襲卻未曾中過一彈，炸彈大多擲落於鹽水溪北側之外海，
日人傳聞曾見一古代人(指媽祖)在空中用裙擺將炸彈撥彈入外海，而當時媽祖神像亦有出汗現象，見者莫不嘖嘖稱奇。
民國七十九年三月二十九日，安平開臺天后宮橫遭祝融降臨，但是熊熊烈火卻止於正殿，三尊媽祖神像與其他神像竟然安然無恙，安平市民嘖嘖稱奇，咸稱媽祖靈驗保佑所致
【正殿】
民國五十年十月（西元一九六一年）間經地方父老集議諮商，決定重建卜地現址，即原水師衙門（現安平古堡前綠園南邊土地）於同月廿三日舉行破土典禮，
直至民國五十五年（西元一九六六年）竣工落成，其間費時近四年，並於四月十一日吉時，奉請三尊媽祖寶像入廟安座，重興香火。
民國七十九年祀融降臨，熊熊火勢止於正殿（三尊媽祖與其他神像皆安然無恙）安平士民嘖嘖稱奇，咸謂乃媽祖靈應保佑所致，面對災後重建，
管理委員會隨即展開籌備措施，進行各項整建工程，民國八十一年（西元一九九二年）十一月完成正殿修護工作，重現雕樑畫樑之美，尤以木構藻井最具建築藝術。
【鐘、鼓樓與兩廂（左、右殿）】
於民國六十二年（西元一九七三年）增建規模擴大。至民國六十四年(西元一九七五年)三月，重建工程全部完竣，廟貌宏偉，金碧輝煌。
次年三月，舉行落成祈安建醮大典，熱鬧非凡。（右殿為將軍殿83年間入祀兩位將軍及文昌帝君殿86年間入祀文昌帝君）
............《以上資料來自安平開台天后宮網站》............
永曆十六年農曆二月一日，荷人兵敗投降退出台灣。國姓爺以其故鄉之名改大員為安平鎮，並以熱蘭遮城為王城。
當時台灣正忙於屯兵開墾．無暇顧及建廟事宜，只好將隨軍來台之三尊媽祖替像暫時供奉於城中之荷蘭教堂內。
同年六月鄭王夢，世子鄭經繼位，在諮議參軍陳永華輔佐下，開發建設台灣，人民生活漸趨安定，遂於永曆二十二年，
由鄭軍官兵與民眾拆毀熱蘭遮城內教堂，就地興建媽祖宮。此即安平開臺天后宮的前身。
一六六八，由於天妃宮所奉祀之媽祖係隨船護佑鄭王舟師來台，故冠以 「開台」頭銜，且直接承襲湄洲媽祖香火，威靈顯赫、盛極一時。
直到永曆卅八年 《康熙二十二年 ) ，台灣入清版圖，清廷以天妃宮為鄭氏所建，刻意加以貶抑，除加封媽祖為天后，並以寧靖王府另建祀典大天后宮，藉以取代開臺天妃宮在台灣人民心中的信仰中心。
同治十三年，由於日本侵台事起。船政大臣沈葆楨奉旨巡視台灣，為使鄭氏遺民與皇親國民不分彼此團結一致，才上書使安平廟的地位正式恢復。
同時，安平鄭氏廟，也因此改稱「開台天后宮」。好景不常，光緒二十一年 （一八九五年），一紙馬關條約，將台灣割讓給日本，日軍登台的連串燒殺．使安平天后宮也難逃此一血劫。
有一班逃不了的清兵在媽祖宮內被圍，共五十六人慘遭屠殺，日軍將其潦草埋葬於廟後空地，因神聖廟堂為血腥所濺，又有冤魂出沒的傳說，於是香火冷落、廟宇自然荒廢了。
民國五十一年五月，安平開臺天后宮管理委員會決定重建事宜，一直到民國五十五年竣工落成，期間費時將近四年，並於四月十一日吉時，奉請三尊媽祖寶像入廟安座，重享安平人間香火。
護軍媽祖除了顯靈護佑鄭成功得以攻克台灣以外，尚有多項神跡，廣為地方人士所流傳。鄭成功恭請三尊媽祖護軍攻取台灣之後，
本應將媽祖送回湄洲祖廟，但鄭成功到台灣只經過了一年三個月就因病去世了，送回媽祖一事就被耽擱了下來。
此後明鄭與清廷一直對峙至康熙22年(西元1683年)，鄭克塽降清，台灣重入清廷版圖，湄州祖廟趁機派人前來索取媽祖神像，
但為安平地方人士所拒，雙方為此發生爭議，當時湄州祖廟派人送來三尊相同的媽祖神像，要換回鄭成功請來的三尊正身媽祖，
安平人為保有正身媽祖，故意出題刁難來人，要以磁碗作筊，並卜百筊以定神意，來人不查當即答應，而發生了一段頗富趣味性的神奇故事。
雙方達成協議後，湄洲祖廟代表即依約擲筊，結果來人竟連得百筊，安平人見狀乃諉稱前約只限大媽，眼睜睜的看著大媽被請下座，
來人在無可奈何之下，繼續再擲筊請示二媽的去留旨意，結果亦連得百筊，直到請示三媽時，出現了奇蹟，來人在連得九十九筊之後，最後的一筊竟由地上直飛而起，插在中樑的正中央懸而不下。
擲筊事後，湄洲祖廟代表見安平信徒虔奉媽祖至誠，乃稍作讓步同意將三媽正身留在安平廟奉祀。於是大媽、二媽歸宗，湄洲另塑大媽、二媽金身，奉祀在安平廟，事情遂告解決。
日據時代，日本人在安平建有卡斯特株式會社(蓖麻)，日本南化學、製鹽會社、日本海軍造船廠等軍需及經濟性工廠，並駐有八十四(曉月)部隊，經美軍多次空襲卻未曾中過一彈，炸彈大多擲落於鹽水溪北側之外海，
日人傳聞曾見一古代人(指媽祖)在空中用裙擺將炸彈撥彈入外海，而當時媽祖神像亦有出汗現象，見者莫不嘖嘖稱奇。
民國七十九年三月二十九日，安平開臺天后宮橫遭祝融降臨，但是熊熊烈火卻止於正殿，三尊媽祖神像與其他神像竟然安然無恙，安平市民嘖嘖稱奇，咸稱媽祖靈驗保佑所致
【正殿】
民國五十年十月（西元一九六一年）間經地方父老集議諮商，決定重建卜地現址，即原水師衙門（現安平古堡前綠園南邊土地）於同月廿三日舉行破土典禮，
直至民國五十五年（西元一九六六年）竣工落成，其間費時近四年，並於四月十一日吉時，奉請三尊媽祖寶像入廟安座，重興香火。
民國七十九年祀融降臨，熊熊火勢止於正殿（三尊媽祖與其他神像皆安然無恙）安平士民嘖嘖稱奇，咸謂乃媽祖靈應保佑所致，面對災後重建，
管理委員會隨即展開籌備措施，進行各項整建工程，民國八十一年（西元一九九二年）十一月完成正殿修護工作，重現雕樑畫樑之美，尤以木構藻井最具建築藝術。
【鐘、鼓樓與兩廂（左、右殿）】
於民國六十二年（西元一九七三年）增建規模擴大。至民國六十四年(西元一九七五年)三月，重建工程全部完竣，廟貌宏偉，金碧輝煌。
次年三月，舉行落成祈安建醮大典，熱鬧非凡。（右殿為將軍殿83年間入祀兩位將軍及文昌帝君殿86年間入祀文昌帝君）
............《以上資料來自安平開台天后宮網站》............